Peristiwa-peristiwa Perang Enam Hari yang dramatik telah menimbulkan sebilangan tuduhan terhadap kekejaman serta dakwaan-dakwaan dan teori-teori yang penuh dengan perbalahan.

Angkatan Tentera Israel membunuh tawanan perang Mesir

Dalam sebuah temu bual untuk Radio Israel pada 16 Ogos 1995, Aryeh Yitzhaki yang dahulu bertugas di Pusat Pengajian Sejarah IDF di Universiti Bar-Ilan mendakwa bahawa unit-unit IDF membunuh sehingga 1,000 orang Mesir yang telah meninggalkan senjata mereka dan melarikan diri masuk ke dalam gurun semasa peperangan. Dakwaan-dakwaan itu menerima perhatian yang meluas di Israel serta di seluruh dunia. Bagaimanapun, Yitzhaki kemudian kedapatan merupakan seorang ahli Parti Tsomet yang diketuai oleh Rafael Eitan. Bekas majikannya, Meir Pa'il, mengagak bahawa Yitzhaki mempunyai niat terselindung untuk mengalihkan perhatian awam daripada pendedahan oleh pesara Jeneral Arye Biro tentang pembabitan Yitzhaki dalam pembunuhan 49 orang tawanan perang dalam peperangan 1956.

Walaupun dakwaan Yitzhaki bahawa sehingga 1,000 orang tawanan telah dibunuh tidak pernah disahkan, banyak orang askar tampil ke depan semasa perdebatan negara di Israel yang penuh dengan perbalahan untuk mengatakan bahawa mereka telah menyaksikan pembunuhan tawanan tidak bersenjata. Pembalasan awam yang lama disekat telah bermula. Ahli sejarah ketenteraan Israel, Uri Milstein, dilaporkan berkata bahawa banyak kejadian yang serupa telah berlaku dalam peperangan itu: "Itu bukan dasar rasmi, tetapi terdapat suasana bahawa perbuatan itu tidak salah. Sesetengah komander memutuskan untuk membuatnya; ada yang enggan berbuat demikian. Tetapi setiap orang tahu akan perkara itu".

Suatu perintah umum IDF pada 11 Jun 1967 khususnya melarang sebarang pembunuhan tawanan, dan menjelaskan kedudukan rasmi Israel. Bagaimanapun, tidak terdapat sebarang dokumen rasmi Israel yang membenarkan skala pembunuhan untuk ditaksirkan dengan tepat.

Menurut laporan akhbar New York Times pada 21 September 1995, kerajaan Mesir telah mengumumkan penemuan dua buah kubur beramai-ramai yang tidak dalam di El Arish, Sinai, yang mengandungi jasad 30-60 tawanan Mesir yang ditembak oleh askar-askar Israel semasa peperangan 1967. Israel dilaporkan menawarkan ganti rugi kepada keluarga mangsa-mangsa tersebut.

Menurut rekod-rekod rasmi Israel, sebanyak 4,338 askar Mesir telah ditangkap oleh IDF, manakala hanya 11 orang askar Israel telah ditangkap oleh angkatan tentera Mesir. Pertukaran tawanan disiapkan pada 23 Januari 1968.

Sokongan Amerika Syarikat dan British

Sesetengah orang Arab mempercayai bahawa Amerika Syarikat dan Britain memberikan sokongan yang aktif kepada Tentera Udara Israel. Dakwaan-dakwaan tentang sokongan pertempuran Amerika Syarikat dan British kepada Israel bermula pada hari kedua peperangan tersebut. Radio Cairo dan akhbar kerajaan Al-Ahram membuat sebilangan dakwaan, antaranya:

• pesawat-pesawat daripada kapal pengangkut pesawat Amerika Syarikat dan British membuat serangan terhadap angkatan tentera Mesir;
• pesawat-pesawat Amerika Syarikat yang ditempatkan di Libya menyerang Mesir; dan
• satelit pengintip Amerika Syarikat membekalkan imej-imej kepada Israel.

Kedua-dua Syria dan Jordan membuat laporan-laporan yang serupa dalam siaran-siaran Radio Damascus dan Radio Amman. Dakwaan-dakwaan ini juga diulangi oleh Presiden Mesir, Gamal Abdel Nasser, dalam ucapan peletakan jawatannya pada 9 Jun (peletakan jawatannya ditolak). Kedua-dua London dan Washington menafikan dakwaan-dakwaan ini dengan kuat, dan tidak terdapat sebarang bukti untuk menyokong dakwaan tersebut. Dalam lingkungan kerajaan Amerika Syarikat dan British, dakwaan-dakwaan ini dengan cepatnya dikenali sebagai 'bohong besar'. Walaupun begitu, dakwaan-dakwaan bahawa orang-orang Arab sedang bertempur dengan Amerika Syarikat serta Britain, dan bukannya hanya dengan Israel, berterusan dalam dunia Arab.

Menurut Elie Podeh, ahli sejarah Israel: "Semua buku teks sejarah Mesir selepas 1967 mengulangi dakwaan bahawa Israel melancarkan peperangan itu dengan sokongan daripada Britain dan Amerika Syarikat. Pemerihalan itu juga mengasaskan perkaitan langsung antara peperangan 1967 dengan percubaan-percubaan imperialis yang dahulu untuk menguasai dunia Arab, dan menggambarkan Israel sebagai satu konco imperialis. Pengulangan kisah dongeng ini, dengan hanya sedikit perubahan, dalam semua buku teks sejarah bermaksud bahawa semua kanak-kanak sekolah Mesir telah didedahkan dan diindoktrinasikan dengan cerita pakatan sulit itu." Sebuah telegram bimbingan British ke kubu-kubu Timur Tengah menyimpul: "Keengganan Arab untuk menolak semua versi bohong besar itu berasal sebahagiannya daripada keperluan untuk mempercayai bahawa askar-askar Israel tidak dapat menewaskan mereka dengan begitu teruk tanpa bantuan luar." [82]

Ahli-ahli sejarah seperti Michael Oren memperdebatkan bahawa dengan mengenakan tuduhan salah terhadap Amerika Syarikat dan Britain kerana membantu Israel secara langsung, pemimpin-pemimpin Arab sedang mencuba memperoleh bantuan ketenteraan yang aktif daripada Kesatuan Soviet untuk diri sendiri. Bagaimanapun, pihak Soviet mengetahui bahawa dakwaan-dakwaan bantuan asing terhadap Israel itu tidak berasas, dan memberitahu diplomat-diplomat Arab di Moscow tentang fakta ini. Walaupun kerajaan Soviet tidak mempercayai tuduhan-tuduhan itu, media Soviet meneruskan pemetikan tuduhan-tuduhan tersebut dan dengan itu, mengukuhkan kebolehpercayaan laporan-laporan itu. Sebagai tindak balas terhadap dakwaan-dakwaan itu, negara-negara pengeluar minyak Arab kemudian mengumumkan sekatan minyak.

Dalam sebuah temu bual pada tahun 1993, Robert McNamara, Menteri Pertahanan Amerika Syarikat, mendedahkan bahawa keputusan untuk menempatkan Armada Keenam Amerika Syarikat di Mediterranean Timur untuk mempertahankan Israel, jika perlu, telah mencetuskan krisis antara Amerika Syarikat dan Kesatuan Soviet. Armada tersebut sedang menjalani latihan tentera laut berhampiran dengan Gibraltar ketika itu. McNamara tidak menerangkan bagaimana krisis itu diatasi.

Dalam bukunya, Enam Hari, Jeremy Bowen, wartawan BBC, mendakwa bahawa semasa krisis itu, kapal-kapal dan pesawat-pesawat Israel membawa simpanan senjata British dan Amerika Syarikat dari tanah British.

Desakan Soviet

Terdapat teori-teori bahawa seluruh Perang 1967 merupakan satu percubaan yang tidak senonoh oleh Kesatuan Soviet untuk mengakibatkan ketegangan antara Jerman Barat dengan negara-negara Arab melalui menonjolkan sokongan Jerman Barat terhadap Israel.

Dalam sebuah makalah pada tahun 2003, Isabella Ginor membutirkan dokumen-dokumen GRU Soviet yang mencadangkan rancangan tersebut. Beliau juga memperincikan risikan salah yang diberi kepada Mesir yang mendakwa tentang pembesaran angkatan tentera berhampiran dengan Bukit Golan, Syria. [83]